SquirrelMail basit e-posta okuma işlemlerini yapmak üzere tasarlanmış bir e-posta aracı olduğu için bu araç ile filtreleme yapılamamaktadır. Filtreleme yapmak isteyen kullanıcılarımızın Horde, Outlook, Thunderbird vb. e-posta okuma araçlarını kullanmaları gerekmektedir.